15 декабря 1920 года по решению Центрсоюза  водников Сибири, Омского райкомвода и Сибревкома в Омске открывается «Профессионально-техническая школа водного транспорта по подготовке речных судоводителей и судомехаников».

    В 1944 году 20 июня Решением Госкомобороны и приказом народного комиссара речного флота № 208 учебное заведение реорганизовано в речное училище.

   В 1956 году по инициативе руководства Иртышского речного пароходства открыт Опорный пункт Новосибирского института инженеров водного транспорта по подготовке инженерных кадров для водного транспорта, который в 1991 году преобразуется в Омский филиал (с 2007 года Иртышский филиал) Новосибирской государственной академии водного транспорта.

     В 2007 году Иртышский филиал объединен с Омским командным речным училищем имени капитана В.И. Евдокимова в единый профессиональный образовательный комплекс, способный давать студентам и курсантам профессиональное образование любого уровня.

     В январе 2015 года Омский институт водного транспорта - филиал Федерального государственного бюджетного образовательного  учреждения высшего образования  "Новосибирская государственная академия водного транспорта"  был переименован в Омский институт водного транспорта - филиал Федерального государственного бюджетного образовательного  учреждения высшего образования  "Сибирский государственный университет водного транспорта"